H6K1Phiên bản nguyên mẫu đánh giá, trang bị động cơ Hikari 2. Có bốn chiếc được chế tạo.H6K1 (Thủy phi cơ Hải quân Loại 97 Kiểu 1)Phiên bản nguyên mẫu trang bị động cơ Mitsubishi Kinsei 43 công suất 1000 mã lực. Có ba chiếc được chế tạo.H6K2 Kiểu 11Phiên bản sản xuất đầu tiên. Bao gồm hai chiếc H6K2-L phiên bản vận chuyển sĩ quan. Có 10 chiếc được chế tạo.H6K2-L (Thủy phi cơ Vận tải Hải quân Loại 97)Phiên bản vận chuyển không vũ trang H6K2 trang bị động cơ Mitsubishi Kinsei 43. Có 16 chiếc được chế tạo.H6K3 Kiểu 21Phiên bản vận chuyển H6K2 được cải biến dành cho yếu nhân và sĩ quan cao cấp. Có hai chiếc được chế tạo.H6K4 Kiểu 22Phiên bản sản xuất chủ yếu, cải biến từ H6K2 được nâng cấp vũ khí, một số được trang bị động cơ Mitsubishi Kinsei 46 công suất 930 mã lực. Trữ lượng nhiên liệu tăng từ 1.708 gallon lên 2.950 gallon. Bao gồm hai chiếc H6K4-L phiên bản vận chuyển. Có 10 chiếc được chế tạo.H6K4-LPhiên bản vận chuyển H6K4, tương tự như chiếc H6K2-L, nhưng trang bị động cơ Mitsubishi Kinsei 46. Bao gồm hai chiếc H6K4 được cải biến. Có 20 chiếc được chế tạo.H6K5 Model 23Trang bị động cơ Mitsubishi Kinsei 51/53 công suất 1300 mã lực và tháp súng bên trên kiểu mới thay cho vị trí mở. Có 36 chiếc được chế tạo.